開花は春にみられます。花は、棒状の部分（肉穂花序）に300～400個が集まって咲きます。開花は、雌しべが先に熟し、そのあとに雄しべが順番に現れます。花には花粉を求めてハエや甲虫の仲間がやってきますが、自家受粉をしている割合の方が大きいようです。種子散布は重力散布ですが二次的に水散布となり、初夏に行われます。発芽はその年の夏に生じます。通年、流水のあるところで生育していますが、流水は、冬は凍結からミズバショウを守り、夏は暑さから守る効果があると考えられます。地下茎は直立根茎で、根は牽引根です。